昆山市妇幼保健所是全市妇幼保健技术培训、指导中心，承担着为全市妇女、儿童提供保健和卫生服务的专业机构，1998年移地新建，总建筑面积1500平方米。到2006年6月，全所共有在职39名员工，其中卫技人员35名，正高级1名，副高级3名，中级职称20名。
昆山市妇幼保健所于2002年顺利通过了ISO9001质量体系认证，为单位的全面发展打下了坚实基础，属省内首创。2004年底又通过江苏省卫生厅等级妇幼保健所机构验收工作，成为苏州地区第一家获得甲等妇幼保健所称号的保健机构。
主要职能和任务：全市妇幼卫生工作督查与指导，母婴保健进社区的科普宣传、教育、咨询，婚前医学检查、围产期保健、孕产期保健、妇女、儿童保健、生殖保健、产前筛查和遗传病筛查、助产技术节育手术、新生儿听力筛查、儿童口腔保健、眼保健、智力测试、乳腺病专科门诊、更年期保健门诊、胎教培训班、并为全市妇、儿保医生提供远程专业继续教育服务等。
（一）一级专业组
保健科室：设社区保健科、妇女保健与生殖健康科、儿童保健科
医技科室：设医技科
行政科室：设行政管理科
（二）二级专业组
1、社区保健科：暂不设二级组
2、生殖健康科：设婚前保健专业组、节育技术专业组、男性生殖保健专业组、妇女病防治专业组
3、妇女保健科：设围产期保健专业组、更年期保健专业组、妇女心理卫生专业组、妇女营养专业组 妇女病防治专业组
4、儿童保健科：设儿童普通保健专业组、儿童营养专业组、儿童心理卫生专业组、儿童眼保健专业组、儿童口腔保健专业组、儿童听力保健专业组、儿童青春期保健专业组
5、医技科：设医学检验专业组、药事收费组、B超心电图及其他辅助检查专业组
6、行政管理科：设党务、行政管理、总务、设备、信息等。